Bank Spółdzielczy w Pruszczu Pomorskim od listopada 2015 r. jest uczestnikiem Systemu Ochrony SGB (IPS-SGB), zapewniającego płynność i wypłacalność banku na zasadach określonych w zawartej Umowie Systemu Ochrony SGB w oparciu o Ustawę o funkcjonowaniu banków spółdzielczych, ich zrzeszaniu się i bankach zrzeszających.

Jednym z filarów Spółdzielczego Systemu Ochrony jest Fundusz Pomocowy i  mechanizm Minimum Depozytowego. W ich ramach zgromadzone są odpowiednie kwoty aktywów płynnych gwarantujące skuteczne zapewnienie bezpieczeństwa i niedopuszczenie do upadłości Banku, nawet w przypadku wystąpienie skrajnie niekorzystnych zdarzeń.

W ramach Spółdzielczego Systemu Ochrony SGB banki zrzeszone mogą skorzystać z pomocy merytorycznej i doradztwa w opracowaniu najbezpieczniejszych rozwiązań. Dodatkowo bank zrzeszający wypełnia rolę wynikającą z umowy zrzeszania tj. udziela wsparcia bankom spółdzielczym w zakresie rozwoju biznesu, technologii i infrastruktury.